分類學
1781年,德國自然學家約翰·雷茵霍爾德·福士特(Johann Reinhold Forster)首度對小藍企鵝進行描述。根據該記錄,小藍企鵝有幾個不同的亞種,但對於其更精確分類法的爭執仍不斷。白鰭企鵝(Eudyptula minor albosignata)有時被視為小藍企鵝的亞種之一,有時被視作另一獨立的物種,有些人甚至會用生物的多態性(Polymorphism)來解釋白鰭企鵝的存在,畢竟澳大利亞和南島西部的小藍企鵝看起來也像是兩個截然不同的物種。
粒線體和細胞核的去氧核糖核酸證據顯示,Eudyptula和Spheniscus屬約在2,500萬年前開始分叉,而白鰭企鵝和小藍企鵝的祖先則約在270萬年前開始分叉。
掠食者
野生的小藍企鵝有時會被紐西蘭軟毛海豹(New Zealand fur seal)捕食。南澳大利亞研發中心(South Australian Research and Development Institute)的研究人員作出了相關的研究,發現接近百分之四十的南澳大利亞花崗岩島海豹的排泄物中有小藍企鵝肉的成份。